中国电子显微镜学会（对外）成立于1980年。1979年9月为了将我国从事电子显微镜研究、生产、应用的各方面力量组织起来，使电子显微技术在四化建设中发挥更大作用，由钱临照等31位发起人向中国科学技术协会提出《申请成立中国电子显微镜学会的报告》。发起人为：钱临照、柯俊、郭可信、施履吉、邹承鲁、黄兰友、何寿安、李林、彭加木、姚骏恩、叶容、朱键、陈德昌、林卓然、吴惕生、冯端、西门纪业、陈尔纲、周文、丁树森、赵卓雍、韩荫志、林述明、尤宗杓、洪涛、解云、朱祖福、沈鸿根、张宜、张少卿、谢玉发。因其他因素经中国物理学会批准，成立本学会，作为中国物理学会的一个分会（对外为：中国电子显微镜学会）。

      1980年11月1～5日在成都市召开了中国电子显微镜学会（对外）成立大会，同时举行首次全国电子显微学术交流会。中国物理学会副理事长甘柏出席讲话。柯俊代表筹委会作筹备工作报告。大会的《论文报告摘要汇编》共发表论文报告393篇。分为《综合、仪器》，《生物、医学》，《金属、材料、地质、化工、半导体》三个分册。有233个单位的286名代表出席。会议期间，国际电子显微镜学会联合会秘书长托马斯（G.Thomas）教授、日本电子显微镜学会前会长、国际电子显微镜学会联合会执行委员桥本初次郎到会表示祝贺，并作了特邀学术报告。

      1986年8月31～9月7日第11届国际电子显微学会议在日本京都举行。来自50多个国家和地区的2000余名代表出席会议。除日本学者1300名以外，其余来自美国、中国、联邦德国、英国、法国的学者人数较多。会上宣读发表的论文约176篇，张贴交流的有1400篇。大会主席小川和朗教授邀请并资助我国60余名学者参加。中国学者共85人出席（包括台湾学者），人数仅次于日本和美国。这充分显示我国电子显微学事业的发展，因而引起国际同行的注意。本届会议文集共四卷，篇幅总计3600多页。大会学术交流期间，同时组织了商品展览和电子显微镜历史展览。会议安排我学会理事长郭可信和常务理事洪涛作邀请报告。会议期间，国际电子显微镜学会联合会举行了执委会及全体委员会。在桥本初次郎和小川和朗积极支持下，接纳中国电子显微镜学会为国际电子显微镜学会联合会正式的国家成员；同时将台湾电子显微学会改称为电子显微镜学会•台北•中国。

      学会坚持科学发展观，积极倡导“献身、求是、创新、协作”的精神，努力促进电子显微学领域的繁荣与发展。学会以发展我国电子显微学(包括透射电镜TEM、扫描电镜SEM、原子力显微镜FAM等)事业为己任，其主要职能是：组织各类学术活动，促进国内外电镜科技团体、科技工作者的交流与合作；发挥学术交流在知识创新、传播、扩散、转移、应用中的作用，将电镜运用于不同的相关产业，促进重大仪器研发和产业化；研究国内外电镜技术现状及发展趋势，为政府部门提供研发战略方面的决策，为电镜企业提供相关合作服务；开展在职培训和继续教育，提升我国科技工作的水平；实施电镜科技创新，举办国内外电镜展览，推广电镜技术成果；开展有益于本行业发展的公益事业和其它活动；承办《电子显微学报》，编辑、出版、发行电镜科技书籍以及相关的音像制品；推荐优秀人才，学会设立有钱临照奖、桥本初次郎奖、青年优秀论文奖，每两年颁发一次，奖励在电子显微学研究领域中取得优异成绩的电镜科技工作者。
      学会自成立以来，已与相关行业、海内外同行业之间建立了极为广泛的工作协作网络。展望未来，任重道远。学会将继续在本届理事长的带领下，大力弘扬 “尊重知识、尊重人才”的风尚，进一步组织团结全国广大电镜工作者，发扬艰苦奋斗、开拓创新精神，再创电镜学会新业绩，实现电镜学会新发展，努力为中国电镜业发展营造良好的氛围，为新世纪电镜事业的腾飞做出贡献。
      学会目前现有会员5000余人，分布在全国各省市自治区。下属分支12个专家委员会和5个工作委员会。